糞便分離成液體和固體部分的趨勢是否理想取決于糞便處理系統的目標。在混凝土坑和蓄水池中，這通常是不希望的，因為肥料經常需要重新混合以去除沉降的固體并獲得用于土地應用的均勻材料。

在其他情況下，這種分離趨勢是理想的。如果某些土地施用地點與糞肥來源相距很遠，則能夠濃縮糞便固體可以減少運輸量和費用。在美國的某些地區，磷的施用量是環境問題。將磷與固體分離，而將大部分氮與液體分離可能是一種選擇。分離后，可以將液體作為氮肥土地施用到糞肥源附近。固體可以被運輸并應用于需要磷肥的田地。
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